便のpHは通常、中性またはわずかにアルカリ性(6.8〜7.5)です。新生児にのみ生理的であるより酸性の便は、腸の感染症(大腸菌、ロタウイルス)または乳糖や脂肪不耐症(膵機能不全または胆汁うっ滞による脂肪便)などの消化器疾患を示している可能性があります。
便のpHは、被験者の食生活に影響されます。たとえば、肉や乳製品が多すぎる食事は、便をよりアルカリ性にします。実際、腐敗性腸内細菌叢は、吸収を逃れたアミノ酸を破壊し、有毒で悪臭のあるアミンを生成します。その結果、アンモニアの生成が増加した結果、糞便のpHが上昇する傾向があります。したがって、短鎖脂肪酸(酪酸を参照)の減少を伴うアルカリ性すぎる糞便pHが結腸直腸癌のリスク増加に関連しているのは偶然ではありません。
腐敗性腸内毒素症の存在下で糞便のpHが上昇する傾向がある場合、発酵性腸内毒素症の存在下で低下する傾向があり、その原因は炭水化物の過剰摂取または炭水化物の吸収不良にあります(セリアック病)。 「脂質摂取量が豊富な場合でも、菜食主義者の食事や長期の絶食では、便のpHは酸性になります。
試験結果の歪みを避けるために、便は尿で汚染されてはならず、尿中アンモニアと腐敗菌が糞便のpHをアルカリ性にするのを防ぐために迅速に冷蔵する必要があります。